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01/01/2022

Des études suggèrent pourquoi Omicron est moins sévère : Il épargne les poumons

Carl Zimmer et Azeen Ghorayshi, The New York Times, 31/12/2021
Traduit par
Fausto Giudice, Tlaxcala

Selon une nouvelle étude sur des animaux, Omicron pourrait causer moins de dommages aux poumons que les variantes précédentes.


De nombreux groupes de recherche étudiant Omicron chez l'animal ont constaté que, par rapport à d'autres variantes, il cause beaucoup moins de dommages aux poumons. Photo Jerome Delay/Associated Press

Une série de nouvelles études sur des animaux de laboratoire et des tissus humains fournit la première indication de la raison pour laquelle la variante Omicron provoque une maladie plus bénigne que les versions précédentes du coronavirus.

Selon des études sur des souris et des hamsters, Omicron a produit des infections moins dommageables, souvent limitées en grande partie aux voies respiratoires supérieures : le nez, la gorge et la trachée. La variante était beaucoup moins nocive pour les poumons, où les variantes précédentes provoquaient souvent des lésions et de graves difficultés respiratoires.

« Il est juste de dire que l'idée d'une maladie qui se manifeste principalement dans le système respiratoire supérieur est en train d'émerger », a déclaré Roland Eils, biologiste informaticien à l'Institut de la santé de Berlin, qui a étudié comment les coronavirus infectent les voies respiratoires.

En novembre, lorsque le premier rapport sur la variante Omicron est arrivé d'Afrique du Sud, les scientifiques ne pouvaient que deviner en quoi elle pouvait se comporter différemment des formes précédentes du virus. Tout ce qu'ils savaient, c'est qu'elle présentait une combinaison distinctive et alarmante de plus de 50 mutations génétiques.

Des recherches antérieures avaient montré que certaines de ces mutations permettaient aux coronavirus de s'accrocher plus étroitement aux cellules. D'autres permettaient au virus d'échapper aux anticorps, qui constituent une première ligne de défense contre l'infection. Mais la façon dont la nouvelle variante pouvait se comporter à l'intérieur de l'organisme restait un mystère.

« On ne peut pas prédire le comportement d'un virus à partir des seules mutations », a déclaré Ravindra Gupta, virologue à l'université de Cambridge.

Au cours du mois dernier, plus d'une douzaine de groupes de recherche, dont celui du Dr Gupta, ont observé le nouvel agent pathogène en laboratoire, infectant des cellules dans des boîtes de Petri avec Omicron et pulvérisant le virus dans le nez des animaux.

Pendant qu'ils travaillaient, Omicron s'est répandu sur la planète, infectant même les personnes vaccinées ou ayant récupéré d'une infection.

Mais alors que les cas montaient en flèche, les hospitalisations n'augmentaient que modestement. Les premières études sur les patients ont suggéré qu'Omicron était moins susceptible de provoquer une maladie grave que les autres variantes, en particulier chez les personnes vaccinées. Mais ces conclusions étaient assorties de nombreuses mises en garde.

D'une part, la plupart des premières infections par Omicron concernaient des jeunes, qui sont moins susceptibles de tomber gravement malades avec toutes les versions du virus. De plus, un grand nombre de ces premiers cas concernaient des personnes présentant une certaine immunité à la suite d'infections ou de vaccins antérieurs. Il n'est pas clair si Omicron serait également moins grave chez une personne âgée non vaccinée, par exemple.

Les expériences sur les animaux peuvent aider à lever ces ambiguïtés, car les scientifiques peuvent tester Omicron sur des animaux identiques vivant dans des conditions identiques. Plus d'une demi-douzaine d'expériences rendues publiques ces derniers jours ont toutes abouti à la même conclusion : Omicron est plus inoffensif que Delta et d'autres versions antérieures du virus.

Mercredi, un vaste consortium de scientifiques japonais et usaméricains a publié un rapport sur des hamsters et des souris qui avaient été infectés soit par Omicron, soit par l'une de plusieurs variantes antérieures. Selon l'étude, les animaux infectés par Omicron présentaient moins de lésions pulmonaires, perdaient moins de poids et étaient moins susceptibles de mourir.

Bien que les animaux infectés par Omicron présentent en moyenne des symptômes beaucoup plus légers, les scientifiques ont été particulièrement frappés par les résultats obtenus chez les hamsters syriens, une espèce connue pour tomber gravement malade avec toutes les versions précédentes du virus.

« C'est surprenant, car toutes les autres variantes ont infecté ces hamsters de manière robuste », a déclaré le Dr Michael Diamond, virologue à l'Université de Washington et co-auteur de l'étude.

Plusieurs autres études sur des souris et des hamsters sont parvenues à la même conclusion. (Comme la plupart des recherches urgentes sur Omicron, ces études ont été mises en ligne mais n'ont pas encore été publiées dans des revues scientifiques).

Ravindra Gupta, virologue à l'université de Cambridge. « J'ai toujours été frappé par le fait que l'on ne peut pas prédire le comportement d'un virus à partir des seules mutations », a-t-il déclaré. Photo Jane Stockdale pour le New York Times

 La raison pour laquelle Omicron est plus doux pourrait être une question d'anatomie. Le Dr Diamond et ses collègues ont constaté que le niveau d'Omicron dans le nez des hamsters était le même que chez les animaux infectés par une forme antérieure du coronavirus. Mais les niveaux d'Omicron dans les poumons étaient inférieurs d'un dixième ou moins au niveau des autres variantes.

Des chercheurs de l'Université de Hong Kong ont fait des constatations similaires en étudiant des morceaux de tissu prélevés sur des voies respiratoires humaines lors d'une intervention chirurgicale. Sur 12 échantillons de poumons, les chercheurs ont constaté que la croissance d'Omicron était plus lente que celle de Delta et d'autres variantes.

Les chercheurs ont également infecté des tissus provenant des bronches, les tubes situés dans la partie supérieure de la poitrine qui acheminent l'air de la trachée aux poumons. Et à l'intérieur de ces cellules bronchiques, dans les deux premiers jours suivant l'infection, Omicron s'est développé plus rapidement que Delta ou le coronavirus original.

Ces résultats devront être suivis d'autres études, comme des expériences sur des singes ou l'examen des voies respiratoires des personnes infectées par Omicron. Si les résultats sont confirmés, ils pourraient expliquer pourquoi les personnes infectées par Omicron semblent moins susceptibles d'être hospitalisées que celles infectées par Delta.

Les infections à coronavirus commencent dans le nez ou éventuellement dans la bouche et se propagent dans la gorge. Les infections légères ne vont pas beaucoup plus loin que cela. Mais lorsque le coronavirus atteint les poumons, il peut causer de graves dommages.

Les cellules immunitaires des poumons peuvent réagir de manière excessive, en tuant non seulement les cellules infectées mais aussi les cellules non infectées. Elles peuvent provoquer des inflammations incontrôlées et endommager les parois délicates des poumons. De plus, les virus peuvent s'échapper des poumons endommagés et passer dans la circulation sanguine, provoquant des caillots et ravageant d'autres organes.

Le Dr Gupta pense que les nouvelles données de son équipe fournissent une explication moléculaire de la raison pour laquelle Omicron ne se comporte pas aussi bien dans les poumons.

De nombreuses cellules du poumon portent à leur surface une protéine appelée TMPRSS2 qui peut, par inadvertance, aider les virus de passage à entrer dans la cellule. Mais l'équipe du Dr Gupta a découvert que cette protéine ne s'accroche pas très bien à Omicron. Par conséquent, Omicron infecte moins bien les cellules de cette manière que Delta. Une équipe de l'Université de Glasgow est arrivée indépendamment à la même conclusion.

Par une autre voie, les coronavirus peuvent également se glisser dans des cellules qui ne fabriquent pas de TMPRSS2. Plus haut dans les voies respiratoires, les cellules ont tendance à ne pas porter la protéine, ce qui pourrait expliquer la preuve qu'Omicron se trouve plus souvent à cet endroit que dans les poumons.

Le Dr Gupta a émis l'hypothèse qu'Omicron était devenu un spécialiste des voies aériennes supérieures, se développant dans la gorge et le nez. Si c'est le cas, le virus aurait plus de chances d'être expulsé en petites gouttes dans l'air ambiant et de rencontrer de nouveaux hôtes.

« Tout dépend de ce qui se passe dans les voies aériennes supérieures pour qu'il y ait transmission, n'est-ce pas ? » a-t- il dit. « Ce n'est pas vraiment ce qui se passe en bas dans les poumons, là où les maladies graves se produisent. Vous pouvez donc comprendre pourquoi le virus a évolué de cette façon ».

Si ces études permettent d'expliquer clairement pourquoi Omicron provoque une maladie plus bénigne, elles ne répondent pas encore à la question de savoir pourquoi cette variante se propage si bien d'une personne à l'autre. Pour la seule journée de jeudi, les USA ont enregistré plus de 580 000 cas, dont la majorité serait de la variante Omicron.

« Ces études répondent à la question de savoir ce qui peut se passer dans les poumons mais ne répondent pas vraiment à la question de la transmissibilité », a déclaré Sara Cherry, virologue à la Perelman School of Medicine de l'Université de Pennsylvanie.

Le Dr Diamond a déclaré qu'il souhaitait attendre que d'autres études soient menées, notamment chez l'homme et non chez l'animal, avant d'avaliser l'hypothèse selon laquelle le TMPRSS2 est la clé de la compréhension d'Omicron. « Je pense que c'est encore prématuré sur ce point », a-t-il déclaré.

Les scientifiques savent qu'une partie de la contagiosité d'Omicron provient de sa capacité à échapper aux anticorps, ce qui lui permet d'entrer facilement dans les cellules des personnes vaccinées, bien plus facilement que les autres variantes. Mais ils soupçonnent qu'Omicron présente également d'autres avantages biologiques.

La semaine dernière, des chercheurs ont rapporté que la variante porte une mutation qui pourrait affaiblir ce qu'on appelle l'immunité innée, une alarme moléculaire qui active rapidement notre système immunitaire au premier signe d'une invasion dans le nez. Mais il faudra d'autres expériences pour savoir si c'est bien là l'un des secrets du succès d'Omicron.

« Cela pourrait être aussi simple que cela : il y a beaucoup plus de virus dans la salive et les voies nasales des gens », a déclaré le Dr Cherry. Mais il pourrait y avoir d'autres explications à cette propagation efficace : Il pourrait être plus stable dans l'air, ou mieux infecter de nouveaux hôtes. « Je pense que c'est vraiment une question importante », a-t-elle déclaré.

La pandémie de coronavirus : ce qu'il faut savoir

La poussée mondiale. Alors que la variante Omicron balaie la planète, le décompte mondial des nouveaux cas de coronavirus a pour la première fois dépassé le million par jour en moyenne. Le précédent record mondial de cas moyens quotidiens, établi en avril dernier, a déjà été battu trois fois cette semaine.

Vols annulés. L'afflux de Covid a entraîné des milliers d'annulations de vols, les compagnies aériennes n'étant pas en mesure d'affecter le personnel nécessaire à leurs vols. Cherchant un soulagement, l'industrie aérienne a poussé le CDC à raccourcir sa période d'isolement recommandée pour les USAméricains infectés par le Covid-19. Lundi, il a réduit la période de quarantaine recommandée à cinq jours pour ceux qui ne présentent pas de symptômes.

 

Dans le monde entier. L'Afrique du Sud a annoncé que sa vague Omicron était passée sans un grand pic de décès. Le nombre de cas dans le pays a diminué de 30 % au cours de la dernière semaine. Cette annonce a donné un espoir prudent aux autres pays aux prises avec la variante qui se propage rapidement.

Rester en sécurité. Vous craignez de propager le Covid ? Protégez-vous et protégez les autres en suivant quelques conseils de base sur le moment où il faut effectuer un test et sur la manière d'utiliser les tests de dépistage du virus à domicile (si vous en trouvez). Voici ce qu'il faut faire si votre test de dépistage du coronavirus est positif.

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